1940 fiel sein älterer Bruder Wilhelm im Frankreich-Feldzug, was Hitler zum sogenannten Prinzenerlass veranlasste: Künftig war allen Angehörigen des Hauses Hohenzollern der Kriegsdienst an der Front untersagt; dies betraf auch Louis Ferdinand, als Oberleutnant der Luftwaffe. Er bewirtschaftete seitdem bis zum Sommer 1944 das private Gut Cadinen in Ostpreußen, die ehemalige Sommerresidenz seines Großvaters.
Louis Ferdinand unterhielt seit Ende der 1930er Jahre Verbindung zum Widerstand und war auch im Gespräch, nach dem Attentat vom 20. Juli 1944 Staatsoberhaupt des Deutschen Reiches zu werden. Unter den Beteiligten des Attentats waren viele Monarchisten bzw. Anhänger des deutschen Kaiser- und preußischen Königshauses, die beabsichtigten, im Falle eines Erfolges wieder zur Monarchie zurückzukehren. Nach dem Scheitern des Putsches vom 20. Juli wurde Louis Ferdinand von der Gestapo verhört.
Bei Kriegsende kam Louis Ferdinand zunächst nach Bad Kissingen, bis er 1947 nach Bremen zog, wo er mit seiner Familie ab 1950 den Wümmehof in Borgfeld bewohnte. Durch den Tod seines Vaters am 20. Juli 1951 wurde er Chef des Hauses Hohenzollern (Preußen). Louis Ferdinand hat keinen Zweifel daran gelassen, dass er bei einer Restauration der Monarchie für das Amt des Kaisers zur Verfügung stünde.