Es gab doch damals eh unzählige Varianten jedes Märchens. Wahrscheinlich war es von vornherein so, dass es beides gab und aus den von dir genannten Gründen ging es immer mehr zur Stiefmutter über.
Hat ja vielleicht auch etwas mit der Moral zu tun. Welche Mutter würde ihren eigenen Kindern so etwas antun? Wie war das? Heilige Maria, Mutter Gottes? Da hat sich das Mutterbild vielleicht auch gewandelt. Die Stiefmutter hingegen, die gegen die fremden Kinder vorgeht, hat es in der Geschichte doch oft gegeben. Fangen wir an bei Hera und Herkules. Wenn der Stoff der Antike mit eingeflossen ist in das Weltbild der Schreiber, vielleicht auch verändert worden.
In Märchen kommen häufig magische Wesen oder Gegenstände vor, natürlich. Auch sie sind aber keine Archetypen, jedenfalls nicht im Denken der Menschen des SMA und der FNZ. Das Konzept ist viel später entstanden. Dass man sich damals Feen als reale Wesen vorstellte, ist zumindest wahrscheinlich. Immerhin galt das zum Beispiel auch für Hexen und Zauberer.
Aber noch eine ganz andere Frage: Wie sicher ist es denn, welches die "ursprüngliche" Fassung eines Märchens gewesen ist? Ich kann mir schon gut vorstellen, dass die Mutter zur Stiefmutter wird, aber natürlich ist auch das Gegenteil denkbar. Man kennt ja immer nur die erste schriftlich erhaltene Fassung, die aber weder die erste schriftliche überhaupt noch die älteste Form sein muss. Jeder Erzähler verändert eine Geschichte ja unmerklich und vielleicht sogar unbewusst ein wenig, wenn er sie vorträgt.
Grundsätzlich würde ich deiner und FS' Vermutung schon zustimmen, wonach eine Veränderung der Mutter in eine Stiefmutter wahrscheinlicher sein könnte. Wenn es die Gebrüder Grimm waren, könnte es einfach ihrer Neigung zuzuschreiben sein, die gesellschaftlichen Verhältnisse zu stabilisieren und gut und böse klar zu verteilen. Falls es früher schon dazu kam, könnten psychologische Gründe vielleicht eine größere Rolle gespielt haben - wenn auch je nach Erzählerin oder Erzähler bzw. konkreter Erzählsituation differierend.
Man muss bei Märchen und Sagen auf jeden Fall mit einer großen Bandbreite an situativen Anpassungen rechnen. Der Erzähler mied vielleicht allzu offenkundige Anklänge an anwesende Personen oder versuchte, bekannte Ereignisse oder Orte aus der Region einzubeziehen. Insofern ist schon auch das Gegenteil möglich: Wenn eine Familie Kinder aus erster Ehe hatte, verzichtete man vielleicht auch mal bewusst auf die Stiefmutter als böse Figur.
Da die homerischen Epen gerade wieder in aller Munde sind, kann man vielleicht den "Schiffskatalog" im zweiten Gesang der Ilias anführen, der besonders viele Abweichungen der verschiedenen Textfassungen aufweist. Als naheliegende Erklärung gilt, dass ein Sänger natürlich bemüht sein musste, den Ort seiner aktuellen Aufführung besonders hervorzuheben oder (falls er fehlte) prominent einzufügen.