Die Idee mit den Nichtreligiösen finde ich gar nicht schlecht. Ab dem Atomzeitalter/Industriezeitalter bildet sich Religion aktiv zurück. Für jeden Einwohner ohne Religionszugehörigkeit bekäme man 1% mehr Forschungsleistung in der Stadt.
Auf diese Weise kommen später diejenigen auch ins Spiel, die das Religionsrennen am Anfang verpasst haben und keine Heilige Stadt erobern konnten.