Wind
Kann eigentlich ein Plot dazu programmiert werden, daß er einer Einheit einen zusätzlichen Bewegungspunkt schenkt? Wenn Sturm Bewegung mindert, sollte das doch gehen. Das Gegenteil von Sturm: Poseidon schickt günstige Winde.
Eine Möglichkeit: "Günstige Winde" erhöhen die Bewegung in beliebige Richtung. Etwas unrealistisch, aber vielleicht überhaupt mit einer Chance für Realisierbarkeit. Andere Möglichkeit: So wie die graue Matsche über dem Plot klebt, wenn schlechtes Wetter ist, könnte da nicht auch ein Pfeil schweben? SDK, zu viel Arbeit? Aber schon mit Potential für einen interessanten Seekrieg, oder? Pfeile für Windrichtungen erscheinen wie ein Naturereignis für drei, vier, fünf Runden, so lange eine "Seeschlacht" vom Sichtkontakt bis zur Entscheidung dauert. Ein Pfeil bedeutet: keine Bewegungskosten in die angezeigte Richtung.
Sichtbarkeit
Sichtkontakt ist auf See etwas sehr Entscheidendes. Selbst in der Moderne war es noch schwer genug, feindliche Flotten, die sich eben in wenigen Tagen doch ziemlich weit bewegen konnten, überhaupt zu finden. In der Antike war es noch unberechenbarer, wann wo wieviel Schiffe aufkreuzten. Man sollte keine fremden Schiffe sehen können, unabhängig von Kulturgrenzen und Küstennähe. Wenn eine karthagische Flotte bei Neapel vorbeisegelt, gab es in der Antike kein Küstenbeobachtungsnetz, infolgedessen ein Funkspruch an den römischen Flottenkommandanten vor Sardinien abgesetzt werden konnte. Schiffe in PAE würden sich wie U-Boote in Civ verhalten. Alle Kriegsschiffe sollten zugleich aber auch mit der Fähigkeit der Civ-Zerstörer, "U-Boote sehen zu können", ausgestattet sein. Man sieht sie als Spieler also nicht, wenn sie ins eigene Hoheitsgebiet eindringen, sondern erst sehr spät, vom Mastbaum eines eigenen Schiffes erst, wenn das Gegnerschiff zwei (drei?) Felder entfernt ist. Wär das nicht mal einen Versuch wert?
Entern
Kann eine Fußeinheit auf ein gegnerisches Schiff hüpfen? Oder könnte man die Animation dann im Falle des Enterns aussetzen? Wenn ein Kriegsschiff einen Bogenschützen, ein Katapult und eine Melee-Einheit transportiert, sollte doch die Melee-Einheit die besondere Fähigkeit haben, das Gegnerschiff zu erobern.
Brand
Hauptursache fürs Kentern von Holzschiffen – neben dem Rammen in die Seite – war das Feuer. Das normale Civ-Seegefecht bildet das Rammen oder "Längsseitsscheren" ab, also das Abfahren/Wegholzen der Ruder. Die Feuerpfeile und -Katapulte bekämen zusätzlich eine Chance auf Inbrandsetzen. Insgesamt sollten die Schiffe aber viel Schaden einstecken können. Dadurch, daß sie bei Schaden Bewegungspunkte verlieren, können sie eine Runde später noch locker versenkt werden.
Brander
In anderen Spielen, ich meine auch Age of Empires, gab es Brander, also in Brand gesteckte Kamikaze-Schiffe, die eine Gefahr selbst für die feisteten Flaggschiffe waren oder in Hafeneinfahrten bugsiert wurden, um möglichst viel Chaos anzurichten. Diese Brander bringen wieder ein Element von Stein-Schere-Papier mehr ins Spiel, weil dann auch die überlegensten Schiffe etwas haben, womit sie nicht klarkommen. So weit ich mich erinnerte, konnten die Brander aber nur Schaden anrichten, und nicht direkt ein Schiff zerstören.