Das die Graka wärmer wird ist kein Wunder. Die meisten Karten arbeiten im 2D-Modus (wie eben der Dektop zB) mit angezogener Handbremse, dh mit gedrosseltem Speicher- und GPU-Takt. Civ4 ist aber eine 3D-Anwendung, dh die Karte löst die Handbremse, fährt mit vollem Takt für Speicher und GPU, und dadurch allein wird schon mehr Wärme abgegeben. Dazu kommen dann noch die Animationen die mitberechnet werden, die vom Anwender verursachten Bewegungen, Scrolling etc. Dh die Karte hat schon etwas zu tun.
Über die CPU brauchen wir wohl nicht reden, die steht bei Civ doch so ziemlich unter Dauerbelastung.