Städte abzureißen oder binnen 20 Runden nach Einnahme "aufzugeben" zählt als Genozid, damit macht man sich unpopulär.
https://wiki.civforum.de/wiki/Haltung_der_KI_(Civ3)
MMn braucht es gar nicht so viele Siedler. Siedler kann man übrigens aus den eroberten Städten rekrutieren. Vor Kriegsende ist das zwar nur bedingt möglich, aber zumindest danach kann es eine elegante Lösung sein. Insbesondere nach der Grenzbegradigung gegen Japan wäre in diesen Städten eine Bevölkerungsreduktion opportun.