Das ist eine sehr berechtigte Frage. Im Augenblick ist es so, dass Kriegsschiffe im Normalfall alle Häfen einer fremden Macht anlaufen dürfen, mit der man sich nicht im Krieg befindet, die kein Embargo verhängt hat und die keine andere, einschränkende Regelung trifft. Das gilt aber nur für die Vorbeifahrt, also um einmalig oder sporadisch Wasser und Proviant aufzunehmen. Will man Schiffe regelrecht stationieren (etwa zur Piratenbekämpfung oder zum Küstenschutz) muss man das konkret absprechen. Da ihr dann ohnehin ein bestimmtes Flottenkontingent dafür zur Verfügung stellt, wird das normalerweise im Zuge dessen besprochen. Beispiele wären die merinidischen Schiffe in Marseille oder die burgundische Teilflotte vor der westfranzösischen Küste, also dem englischen Festlandsgebiet.
Spielintern ist beides ein deutlicher Unterschied, besonders was den Schutz vor Piraten (oder auch die Durchführung eigener Kaperfahrten), den militärischen Schutz und auch einen möglichen politischen Einflussgewinn angeht.