Ich bin mir ziemlich sicher, dass die Boni erhalten bleiben.
Zumindest hab ich noch nicht gegenteiliges gehört und mir ist auch noch nie aufgefallen, dass es in den Werten einen Einbruch gab, wenn ich im Krieg war.
Das müsste im Zweifel aber auch relativ leicht zu testen sein, reicht ja irgend ein save aus der Spielmitte, schnell einer KI die Suzerän ist den Krieg erklärt und vorher/nachher die Werte geprüft.